Биологическая систематика, или таксономия (от греч. taxis — расположение, порядок, nomos—закон),—наука о распределении животных и растительных микроорганизмов по группам или отдельным систематическим категориям в зависимости от сходных признаков. Низшей основной единицей систематики является вид. Сходные виды объединены в роды, которые составляют семейства, складывающиеся в порядки и классы.
Систематика микроорганизмов крайне сложна. Многие микроорганизмы имеют одинаковые морфологические признаки, но различные физиологические свойства. Эволюция многих микроорганизмов неизвестна, а родственные связи между ними часто неясны. Кроме того, понятие «вид» для микроорганизмов до сих пор не имеет четкого определения. Обычно к одному виду относят микроорганизмы, обладающие общими морфологическими и физиологическими свойствами, сходные по антигенной структуре. В среде обитания микроорганизмы, составляющие данный вид, вызывают сходные процессы в результате своей жизнедеятельности. Наименование вида у микроорганизмов дают по биноминальной (двойной) номенклатуре, предложенной Линнеем в 1760 г. Первое слово в названии микроорганизма означает род и обычно является латинским, второе слово — видовое название микроба. Наименование рода пишется с прописной буквы, а видовое —со строчной, например Bacillus anthracis — сибиреязвенная палочка, возбудитель сибирской язвы. При написании родовое название бактерии принято сокращать до начальной буквы, например Е. coli (Escherichia coli) — кишечная палочка.
В названии микроорганизмов могут быть отражены имена открывших их ученых. Так, бруцеллы описаны английским ученым- Брюсом, лямблии — русским врачом Лямблем. В честь американского микробиолога Сальмона назван род «сальмонелла», немецкого ученого Эшериха — род «эшерихиа», японского микробиолога Шига — род «шигелла». Иногда название микроорганизмов связано с названием органа, который они поражают: например, менингококки вызывают поражение мозговых оболочек, пневмококки — легких и т. д. Эти названия не согласуются с правилами номенклатуры.
В микробиологии существуют еще понятия «штамм» и «клон». Штамм — микроорганизмы одного вида, выделенные одномоментно из одного источника: от больного или носителя, а также с объектов внешней среды (из воды, пищевых продуктов, с предметов обихода). Штаммы отличаются между собой отдельными признаками, например устойчивостью к антибиотикам, сульфаниламидам, способностью вызывать неодинаковое по тяжести, клиническому течению и исходу инфекционное заболевание. Однако штаммы одного вида обладают всеми признаками, характеризующими их как вид. Они сохраняют также свое видовое название, к которому добавляют начальные буквы фамилии или инициалы больных, от которых был выделен данный штамм, или название территории, на которой он был обнаружен. Например, различные штаммы вируса гриппа получили свое название по месту их выделения: «азиатский» штамм вируса гриппа, штамм вируса гриппа «Гонконг».
Клон — культура микроорганизмов, полученная при размножении одной клетки данного вида или штамма. Термин «культура», или «популяция», используют для обозначения совокупности микробов, вырастающих на питательной среде из одной или нескольких клеток одного вида (от франц. population — население). Популяция микробов, состоящая из особей одного вида, называется чистой культурой, а из особей разных видов — смешанной культурой.
На основании особенностей строения микроорганизмов и других одноклеточных их разделяют на две четко различающиеся группы: эукариоты и прокариоты.
Эукариоты - высшие микроорганизмы, или протисты. Клетки их по строению сходны с растительными и животными клетками. К эукариотам относят водоросли, грибы и простейшие. В клетках эукариотов имеется дифференцированное ядро, отграниченное от цитоплазмы ядерной мембраной. Внутри ядра находится набор хромосом, которые, удваиваясь в процессе деления — митоза, передаются дочерним клеткам. В цитоплазме эукариотов имеются развитая эндоплазматическая сеть, происходящая из цитоплазматической мембраны, а также митохондрии и различные органеллы — пластиды.
Прокариоты — низшие протисты. К ним относятся бактерии и сине-зеленые водоросли. Прокариоты по своей структуре резко отличаются от всех остальных живых организмов. В клеточной стенке прокариотов обнаружены пептидогликаны (гликопротеиды), не выявленные в составе клеток эукариотов. Ядро прокариотической клетки не дифференцировано: дезоксирибоиуклеиновая кислота (ДНК), составляющая хромосому, свободно погружена в цитоплазму, ядерная оболочка отсутствует. Эндоплазматическая сеть развита слабо, поэтому деление на «отсеки» в цитоплазме не выражено.
До сих пор единая международная классификация микроорганизмов отсутствует. Грибы, простейшие и вирусы имеют свою определенную классификацию, которая будет изложена в соответствующих разделах. Существуют также различные схемы классификаций бактерий и сине-зеленых водорослей. В настоящее время все большее признание получает систематика Берджи, изложенная в «Определителе бактерий», последний раз изданном в 1974 г. В нем описано и систематизировано более 1500 видов микроорганизмов, относящихся к прокариотам.
Микроорганизмы, относящиеся к прокариотам, в определенее Берджи разделены на два отдела:
I — циано-бактерии (сине-зеленые водоросли)
II — бактерии. Наиболее подробно описан и систематизирован отдел бактерий. В него входят, помимо собственно бактерий (кокки, палочки, спириллы), такие микроорганизмы, как спирохеты, актиномицеты, риккетсии, хламидии, микоплазмы.
Отдел бактерий разделен на 19 групп, или частей, что соответствует подотделам или подклассам. В эти группы входят порядки, семейства, роды и виды, которые имеют большое значение для человека. Среди микроорганизмов, вызывающих заболевания человека, можно назвать: спирохеты (группа 5), гонококки, стафилококки, стрептококки (группы 10 и 14), возбудители кишечных инфекций, в том числе холеры (группа 8), возбудители анаэробных инфекций и сибирской язвы (группа 15), актиномицеты и микобактерии (группа 17), риккетсии и хламидии (группа 18), микоплазмы (группа 19).
