Фагодиагностика является одним из методов дополнительного определения вида и типа микроорганизма, вызвавшего заболевание. В основе ее лежит специфичность действия фага на определенные возбудители. Лизис выделенной у больного культуры с помощью специфического фага используют для дифференциации возбудителей чумы от сходных с ним возбудителей псевдотуберкулеза грызунов, холерного вибриона—от других вибрионов, возбудителя гонореи — от сходных микробов, возбудителя склеромы — от палочки Фридлендера. На основании лизиса специфическим фагом определяют родовую и видовую принадлежность шигелл, сальмонелл, бруцелл, холерных вибрионов, которые не агглютинируются специфическими иммунными сыворотками. Для определения вида или типа микроба по специфическому действию фага на жидкую или плотную питательную среду засевают чистую культуру изучаемого микроорганизма. Затем сюда добавляют несколько капель известного фага. Просветление взвеси микробов на жидких средах и отсутствие роста на плотных питательных средах свидетельствуют о соответствии фага выделенной культуре.
Обязательна постановка контролей в виде посева культуры изучаемого микроба на питательные среды.
Метод фаготипирования позволяет разделить микробы одного и того же вида на различные фаготипы. Это имеет большое значение в эпидемиологической практике, например, при выявлении источника инфекции. Фаготипирование осуществляют с помощью типовых фагов. Существуют типовые фаги в отношении сальмонелл тифа (96 типов), паратифа В (11 типов), сальмонелл тифимуриум (Бреслау) (13 типов), холерного вибриона (5 типов) , стафилококков (22 типа).
Реакция нарастания титра фага была разработана советскими микробиологами В. Д. Тимаковым и Д. М. Гольдфарбом для диагностики инфекционных заболеваний и определения загрязненности внешней среды патогенными микроорганизмами. Сущность реакции заключается в том, что к исследуемому материалу прибавляют определенное количество корпускул индикаторного фага. При наличии в этом материале соответствующего возбудителя индикаторный фаг контактирует с ним и размножается. Увеличение, нарастание количества корпускул фага, искусственно добавленного в исследуемый материал, свидетельствует о наличии в нем гомологичного возбудителя.
Специфическая профилактика и лечение с помощью бактериофага осуществляются при брюшнотифозной и дизентерийной инфекциях. Особенно эффективно применение антибиотиков и фага одновременно или последовательно друг за другом. Фаг является прекрасным лечебным средством при холере в первые дни болезни, а позже — в сочетании с антибиотиками. Комбинированное применение фага и антибиотиков оказывает эффективное действие на антибиотикоустойчивые формы бактерий.