Колонии плесневых грибов на плотных питательных средах достигают размера 0,5—5 см. Поверхность колонии может быть бугристой, складчатой, иногда плоской, консистенция — рыхлой. Цвет колоний грибов разнообразный: беловато-желтый, коричневый, оранжевый, красный, бурый, черный, зеленоватый. На жидких питательных средах плесени образуют серовато-беловатое войлокообразное сплетение мицелия или густой конгломерат из пушистых холмиков. В отличие от бактерий многие грибы не вызывают при росте помутнения среды.
Колонии дрожжей и дрожжеподобных грибов могут быть плоскими или куполообразными, гладкими, блестящими, иногда слегка исчерченными или складчато-бугристыми. Консистенция их сметанообразная с различными оттенками: беловато-желтоватые, коричневые, желтые и темные. Размеры колоний несколько меньше, чем у плесневых грибов. На жидких средах растут сплошной пристеночной пленкой, дают рыхлый осадок или равномерное помутнение среды.
Колонии актиномицет различают в зависимости от их вида и типа. Для получения чистой культуры грибов к питательным средам добавляют различные вещества, подавляющие рост посторонней микрофлоры, например антибиотики (пенициллин, стрептомицин и др.). Используют также сочетание бычьей желчи, кристаллического фиолетового и стрептомицина, которые добавляют к среде Сабуро.