Микроорганизмы были открыты и описаны в конце XVII века в Голландии Антонием ван Левенгуком. Сделанные им приборы — микроскопы давали по тем временам довольно сильное (более чем в 160 раз) увеличение. Рассматривая под микроскопом настой перца, Левенгук увидел в капле этой жидкости множество крошечных зверьков — «анималькулей», как он назвал их. Изучая гнилую воду, тину, зубной налет, он находил сходные анималькули и рисовал их. Описание своих наблюдений Левенгук вместе с рисунками отправил в Лондонское королевское общество. Так было положено начало новой науке — микробиологии.
Впервые смелое предположение о том, что каждая заразная болезнь вызывается особым возбудителем, было высказано в конце XVIII века. Русский ученый, военный врач Д. С. Самойлович, участник борьбы с эпидемией чумы в Москве в 1771—1772 гг., пытался с помощью микроскопа найти возбудителя чумы. Но ему не удалось этого добиться из-за несовершенства микроскопов того времени. Однако Д. С. Самойлович показал, что заражение чумой происходит при непосредственном соприкосновении с больным или его вещами. Он впервые предложил производить прививки «заразного ослабленного начала чумы» людям, соприкасавшимся с больными.Первые успешные попытки предупреждения инфекционных заболеваний и борьбы с ним»- были предприняты в Англии Эдуардом Дженнером, который сумел предохранить людей от заболевания натуральной оспой путем прививки им заразного материала от животных. Сельский врач Э. Дженнер отличался большой наблюдательностью: он заметил, что люди, переболевшие коровьей оспой, не заболевают натуральной. В 1796 г. Дженнер в присутствии свидетелей и врачей привил 8-летнему мальчику коровью оспу, а через 1,5 мес — натуральную. Ребенок не заболел; он оказался невосприимчивым к натуральной оспе. Прививки против оспы получили повсеместное признание и принесли человечеству одну из величайших побед медицины. Только с помощью прививок в нашей стране оспа была ликвидирована. Материал, используемый для прививок, был назван в честь Дженнера вакциной (от лат. vacca — корова).
Конец XVIII — начало XIX века в развитии микробиологии можно охарактеризовать как период описательный, собирательный. В это время были открыты и описаны различные микроорганизмы: дрожжи, вызывающие сбраживание пивного сусла (1837), паразитические грибы — возбудители болезни шелковичных червей (мускардины), возбудители парши человека. В середине XIX века появились первые сообщения Поллендера и Брауэля в России (1848), Давена в Западной Европе о находках неподвижных нитевидных телец в крови животных, больных сибирской язвой. Однако только гениальные работы Пастера положили начало развитию современной научной микробиологии.
