Для отдельных видов микроорганизмов характерно образование самых разнообразных пигментов. Пигментообразование часто является стойким признаком микроба (белый, золотистый и лимонно-желтый стафилококки, палочка сине-зеленого гноя). Пигмент, образуемый микроорганизмами, может скапливаться в виде зернышек между клетками (золотистый стафилококк, чудесная палочка), равномерно диффундировать в окружающую среду (палочка сине-зеленого гноя) или находиться в оболочке бактерии (Bact. violaceum). Если пигменты нерастворимы в воде (липохромные пигменты), окрашивается только колония микроба, растущая на питательной среде, а если растворимы — окрашивается и питательная среда. Пигмент чудесной палочки, желтые пигменты стафилококка растворяются только в спирте. Черные пигменты плесеней, дрожжей не растворяются ни в воде, ни в спирте. Интенсивность образования пигмента колеблется даже у одного и того же вида микробов. Интенсивнее всего пигмент образуется на плотных средах при свободном доступе кислорода. В анаэробных условиях пигмент не образуется, а если и образуется, то обесцвечивается. Некоторые пигменты, например пиоциаиин, обладают антибиотическими свойствами.
Свечение бактерий. Встречаются микроорганизмы, особенно среди морских бактерий, которые обладают способностью светиться (люминесцировать). Свечение бактерий возникает в результате интенсивных процессов окисления, протекающих с выделением энергии. Такие бактерии придают свечение чешуе рыб в море, грибам и гнилушкам в лесу.
Ароматические вещества. Вырабатываются некоторыми микроорганизмами в процессе обмена. Одни из них придают специфический запах сырам, маслу, винам. Эти микроорганизмы широко используются при изготовлении различных продуктов. Другие микроорганизмы в процессе жизнедеятельности образуют вещества с неприятным запахом (индол, скатол, сероводород) и часто служат причиной недоброкачественности продуктов.
