В естественных условиях микробы развиваются обычно совместно с растениями и животными, являясь составной частью биоценоза.

Биоценоз — совокупность растений и животных, населяющих участок среды обитания, одном и том же месте обитают различные виды бактерий, грибов, простейших, вирусов и др., между которыми идет постоянная борьба за существование. Взаимоотношения групп и видов микроорганизмов разнообразны и сводятся в основном к симбиозу, метабиозу, антагонизму.

Симбиоз — взаимовыгодное сожительство различных видов микроорганизмов. Совместно они развиваются лучше, чем каждый из них в отдельности (симбиоз клубеньковых бактерий и бобовых растений, молочнокислых бактерий и спиртовых дрожжей).

При метабиозе один вид микробов в результате своей жизнедеятельности создает благоприятные условия для развития другого вида. Так, развитие анаэробов в хорошо аэрируемой почве было бы невозможно без аэробов, которые поглощают кислород почвы. Метабиоз лежит в основе круговорота веществ в природе. Антагонистические отношения выработались у микроорганизмов в борьбе за. существование. Простейшие пожирают бактерии. Патогенные микробы, попав с выделениями больного во внешнюю среду, не выдерживают длительной конкуренции с сапрофитами и быстро погибают. Молочнокислые бактерии обладают антагонистическими свойствами в отношении гнилостных микробов, возбудителей дизентерии, чумы. Кишечная палочка является антагонистом шигелл, синегнойная — подавляет рост холерного вибриона, возбудителей дизентерии и брюшного тифа, стафилококков, менингококков и других микробов. В процессе жизнедеятельности микроорганизмы вырабатывают различные вещества, угнетающие и убивающие микробов других видов. К таким веществам относятся антибиотики.