В санитарной микробиологии существуют стандартные методы исследования объектов внешней среды, правила взятия проб исследуемого материала, критерий оценки полученных результатов, которые регламентированы специальными инструкциями, государственным общесоюзными стандартами (ГОСТ) и общесоюзным стандартами (ОСТ), различными методическими указаниями.
Санитарная микробиология занимается также разработкой рекомендаций по оздоровлению окружающей среды путем воздействия на ее микрофлору и оценкой степени эффективности мероприятий, проводимых в это направлении.
При исследовании объектов внешней среды в сан тарной микробиологии используют методы количественного определения микробной флоры — общего количества бактерий в исследуемом объекте независимо от их видовой принадлежности, а также методы качественного определения видового состава микроорганизмов. Важней шей задачей санитарной микробиологии является обнаружение в исследуемых объектах патогенных микробов и их токсинов.
Однако непосредственное выявление их представляет значительные трудности. Это связано с тем, что патогенные микробы встречаются во внешней среде непостоянны главным образом во время эпидемических вспышек; количество их бывает обычно незначительным; многие из них трудно культивировать на искусственных питательных средах. Некоторые патогенные микроорганизмы (вирусы, риккетсии) вообще не растут на искусственны средах. Поэтому отрицательные результаты исследования на патогенную микрофлору не всегда свидетельств; ют об ее отсутствии. В связи с этим для санитарно-микробиологического контроля окружающей среды наряд с выявлением отдельных патогенных микроорганизмов определяют общее количество бактерий и санитарно-показательные микроорганизмы. На основании этих косвенных показателей судят о возможном загрязнении внеш ней среды возбудителями заболеваний.