Для выделения изолированных колоний, из которых выращивают чистую культуру, небольшое количество исследуемого материала вносят петлей в расплавленный и остуженный до 43°С агар в пробирке, тщательно перемешивают и смесь выливают в чашку Петри. Микробы в форме изолированных колоний растут как по поверхности агара (аэробы), так и внутри него (анаэробы). Этот метод, предложенный Кохом, применяется в настоящее время для определения общего количества бактерий, находящихся в воде и пищевых продуктах.
Чистую культуру аэробов получают обычно, засевая каплю исследуемого материала на поверхность застывшего агара в чашке Петри. Каплю распределяют по всей чашке с помощью специального шпателя Дригальского или бактериологической петли. Из отдельных микробных клеток через 16—20 ч культивирования в термостате образуются изолированные колонии. Каждая колония — популяция микроорганизмов, развившаяся из одной бактериальной клетки определенного вида бактерий. Колонии бактерий имеют различные размеры (от 2 до 4 мм), округлую правильную или неправильную форму, гладкую или шероховатую поверхность, ровные или фестончатые края и различную консистенцию. Колонии бактерий могут быть бесцветными или имеют белый, золотистый, красный, лимонно-желтый цвет за счет образования пигмента. Метод, предложенный Дригальским для выделения чистых культур аэробов, наиболее часто применяется и в настоящее время. Биологический метод получения чистых культур основан на заражении чувствительных экспериментальных животных исследуемым материалом, содержащим микробные ассоциации. Например, пневмококки можно выделить из мокроты, заражая чувствительную к ним белую мышь. Через 4 ч в крови мыши обнаруживают чистую культуру пневмококков, так как они опережают размножение других микроорганизмов.
Существуют различные способы разделения споро образующих бактерий и неспорообразующих, подвижных и неподвижных, устойчивых к кислотам и чувствительных к ним. Например, прогревание исследуемого материала перед посевом убивает все вегетативные формы бактерий и позволяет выделить чистую культуру споро- образующих бактерий. Подвижного микроба-протея можно выделить по способу Шукевича. Для этого делают посев в конденсационную воду на дне пробирки со скошенным агаром. Хорошо подвижный протей дает ползучий рост вверх по поверхности агара. Используя обработку исследуемого материала кислотой (при короткой экспозиции), можно выделить микобактерии туберкулеза, устойчивые к кислотам.