Становление медицинской микробиологии в значительной степени связано с развитием общей медицины, а также с изучением инфекционных заболеваний. Заразные заболевания с их внезапным началом, массовым распространением, высокой смертностью известно было давно. Во времена Византийской империи среди народов, населяющих бассейн Средиземного моря, за 50 лет умерло от чумы до 100 млн. человек. В Европе в начале XV века от чумы погибла почти четвертая часть населения. Незнание причин заразных заболеваний заставляло объяснять их появление вмешательством сверхъестественных сил. Однако издавна была отмечена связь, например, между возникновением эпидемий кишечных заболеваний и появлением большого количества мух, между заболеваниями малярией и большим количеством комаров в болотистых местах.
Гиппократ предложил первую теорию происхождения инфекционных болезней, миазматическую, согласно которой причиной возникновения эпидемий являлся насыщенный болезнетворными испарениями — миазмами — воздух. Эта теория была поколеблена только в XIV столетии, когда возникшая в Европе эпидемия чумы натолкнула на мысль о возможности заражения здоровых людей непосредственно от больных. Кроме того, миазматическая теория происхождения болезней не позволяла разработать эффективные меры борьбы с инфекционными заболеваниями. В 1374 г. в Венеции впервые был издан указ об изоляции людей и товаров, которых подозревали в заболевании и заражении. В дальнейшем срок изоляции был доведен до 40 дней — quarantina, поэтому изоляция и получила название «карантин».
